GENYCA cuenta con la certificación de calidad bajo la norma ISO 9001 e ISO 14001 y realiza los análisis siguiendo procedimientos y protocolos adaptados según recomendaciones de la European Molecular Genetics Quality Network (EMQN). Siempre cumple los requisitos técnicos y metodológicos necesarios para conseguir la acreditación del sistema de gestión de calidad, de acuerdo con la norma ISO 17025:2005 y la ISO 15189:2012. Además participa activamente en controles de calidad externos para enfermedades hereditarias y pruebas de identificación genética. Fue el primer centro de la Comunidad de Madrid en obtener la autorización como Unidad de Genética.